עמותת הלוט"ר הינה ארגון יוצאי ובוגרי יחידת לוט"ר לדורותיה. משימת העמותה היא להוות גוף מקשר בין יוצאי היחידה לדורותיה, היחידה הסדירה, פלגת המילואים והקהילה. העמותה שמה לה למטרה למנף את ההון האנושי הטמון ביוצאי היחידה לטובת היחידה, אנשיה ולטובת הכלל. העמותה הוקמה ומתופעלת על-ידי יוצאי היחידה, ומתפקדת כמוסד ללא מטרת רווח הרשום כחוק ברשם העמותות.